Cuando el transportista es persona física que tributa en el Régimen Simplificado de Confianza (RESICO) y el cliente que le paga es una persona moral, la ley obliga a esta última a retener 1.25 % de ISR sobre el monto cobrado (sin incluir IVA).
Esa retención se aplica tanto en el flete:

ESCENARIOIVASe retiene ISRFundamento
EE. UU. → México (acto no objeto de IVA)0 % (no se traslada)Art. 113-J LISR
México → EE. UU. (servicio de exportación a tasa 0 % de IVA)Tasa 0 %Art. 113-J LISR

Detalles clave

  1. Quién debe retener
    Solo las personas morales (empresas) que pagan a una PF-RESICO; si el pagador es otra persona física no hay retención.
  2. Base de la retención
    El importe efectivamente pagado excluyendo IVA (si el servicio lleva IVA 0 %, la base es el mismo valor del flete).
  3. Entero y comprobante
    La persona moral entera el ISR retenido a más tardar el día 17 del mes siguiente y entrega al transportista el CFDI de retenciones.
  4. Excepción principal
    Si el proveedor RESICO se dedica exclusivamente a actividades agrícolas, ganaderas, silvícolas o pesqueras (AGAPES), la regla 3.13.29 RMF libera al pagador de retener el 1.25 %.
  5. Relación con el IVA
    El tratamiento de IVA (no-objeto o tasa 0 %) no modifica la obligación de retener ISR; son impuestos distintos.

En resumen: en ambos tipos de flete, mientras quien presta el servicio sea PF-RESICO y quien paga sea PM, se retiene el 1.25 % de ISR sobre el pago antes de IVA, salvo que el transportista sea AGAPES bajo la excepción de la RMF.